Se cree que en su origen, fue utilizada por los visigodos como zona habitación y cobijo.
Se trata de una cueva rupestre en la que en su momento viviría un eremita, al que posteriormente se le irían uniendo otros con sus mismas creencias e intereses, y creando un cenobio.
La iglesia se halla integrada dentro de un conjunto de estructuras de habitación y enterramiento de la comunidad que allí vivía.
Esta comunidad mozárabe de ritos cristianos, que vivía en la civilización árabe (siglos IX y X), podía mantener sus cultos, siempre que se hiciera sin importunar a los árabes, y para ello tenían que buscar refugio en las afueras de Ronda y enterrar allí a sus difuntos.
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